Анализ микробных сообществ кожи и среды обитания амфибий и рептилий.

В нашем исследовании мы изучали микробные сообщества амфибий и рептилий для оценки применимости метагеномного подхода для диагностики возможных заболеваний и влияния на них окружающей среды. Эти животные были выбраны, так как они обитают как на воле, так и в террариуме, поэтому являются хорошим модельным объектом для оценки влияния среды на микробиом.

Ход работы

Были взяты образцы кожи, полости рта и среды обитания у 7 амфибий и 2 рептилий (рис.1), каждая проба была взята в двух репликах. Далее была выделена метагеномная ДНК с помощью набора PureLink Microbiome kit (Thermo) и амплифицирован участок V4 гена 16S рРНК с помощью праймеров 515F-806R. После проверки точности амплификации с помощью электрофореза в агарозном геле (рис.2) ампликоны были очищены с помощью Ampure XP (Beckman), индексированы с помощью праймеров Illumina и переданы на секвенирование в ЦКП геномики Сколтеха (Illumina MiSeq 250PE). Параллельно с этим была оценена бактериальная нагрузка в разных пробах с помощью ПЦР в реальном времени.

• Цели
• Задачи
• Актуальность
• Результаты
• Применение
• Оборудование